ALTA DIVERGENCIA EN EL SUBTIPO B CAUSANTE DE LA EPIDEMIA DE VIH EN PANAMA

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Este trabajo resume el primer estudio amplio de epidemiología molecular de la infección por el VIH-1 en Panamá. Se estudiaron 66 muestras de pacientes con sida de distintas regiones del país. Todas las muestras fueron analizadas por RT-PCR y secuenciación de dos regiones del genoma, el gen gag (proteína p17) y el gen env (región C2-C4 de la envoltura). Los análisis filogenéticos revelaron que el 97% de las muestras agruparon con el subtipo B de VIH-1 y se identificó la presencia de dos virus recombinantes, CRF12_BF y CRF02_AG. Analizando la variabilidad genética en el gen env (C2-C4), comprobamos que existía una gran distancia genética de 15.2% hasta un 31.3% entre las muestras del subtipo B. Esta distancia genética es mayor que la que se ha informado en otros países e indicaría que la epidemia del VIH-1 en Panamá ha tenido un largo período de evolución.
Las 66 muestras analizadas corresponden a pacientes con síntomas por el síndrome de inmunodeficiencia adquirida (sida), procedentes de los dos principales hospitales de Panamá, Complejo Hospitalario Dr. Arnulfo Arias Madrid, Caja del Seguro Social y del Hospital Santo Tomás. Todas las muestras fueron colectadas en 2004 y 2005. De 66 muestras analizadas, 60 (90.9%) correspondieron a hombres y 6 (9.1%) a mujeres. Con respecto a la ruta de transmisión, todos los pacientes se infectaron por transmisión sexual. Las conductas de riesgo fueron: 36 (54.5%) heterosexuales, 11 (17%) homosexuales, 4 (6.1%) bisexuales y en 15 muestras se desconoce la ruta de transmisión. El rango de edad fue de 23 a 74 años. La distribución de los lugares de residencia fue la siguiente: 32 del distrito de Panamá, 11 del distrito de San Miguelito, 9 de Panamá Oeste, 4 de la provincia de Colón, 1 de Panamá Este, la provincia de Bocas del Toro, la de Chiriquí, y la Comarca Kuna Yala, y en 6 muestras se desconoce el origen.
La obtención del ácido ribonucleico (ARN) plasmático se realizó con el kit MagNa Pure LC Automated Nucleic Acid Extraction System (Roche). La amplificación del gen gag (p17), se efectuó mediante una transcripción inversa acoplada a la reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR), utilizando el One Step RT-PCR Kit (Qiagen), que permite que ambas reacciones se den en un solo paso. La amplificación del gen env (C2-C4) se llevó a cabo como se describió anteriormente, pero luego de la RT-PCR se realizó una PCR anidada utilizando un segundo juego de primers internos. Las secuencias de los primers y las condiciones de la amplificación fueron descritas previamente (Casado y col., 2001). Todos los productos de PCR fueron directamente secuenciados utilizando el kit ABI Prism BigDye Terminator Kit y el secuenciador automático ABI PRISM 3100 (Applied Biosystems, Foster City, CA EE.UU.). Para analizar el virus presente en algunos pacientes fue necesario clonar el producto de RT-PCR utilizando el TA Topo Cloning Kit (Invitrogen). Las secuencias de nucleótidos fueron corregidas utilizando el programa SeqMan y alineadas con el programa Clustal X. Posteriormente, los alineamientos fueron editados y corregidos a mano utilizando el programa BioEdit. Los árboles filogenéticos se construyeron por el método del vecino más próximo (Neighbor-Joining, NJ), utilizando el programa Mega 3.1. Las matrices de distancia se calcularon mediante el modelo de dos parámetros de Kimura. La robustez estadística de los árboles generados se comprobó realizando 1 000 réplicas (bootstrap).
Para caracterizar los subtipos de VIH-1 en Panamá los árboles filogenéticos fueron construidos con secuencias de referencia de los diferentes subtipos y formas recombinantes circulantes (CRF) obtenidas de la Base de Datos de los Alamos (http://hiv-web.lanl.gov).
Los análisis filogenéticos revelaron que el 64 (97%) de las secuencias agruparon con el subtipo B de VIH-1 en ambos genes: gag (p17) y env (C2-C4). Además, el análisis en estos dos genes identificó la presencia de dos virus recombinantes, CRF12_BF y CRF02_AG. La distancia genética media entre las 64 muestras correspondientes al subtipo B fue 8.7% para el gen gag (p17) y 15.2% en env (C2-C4). Estos valores de diversidad indican que la epidemia en Panamá tiene un largo período de evolución. Lo cual concuerda con el informe del primer caso de sida, en 1984.
El análisis filogenético de las cuasiespecies de ARN viral en gag demostró una sola población viral. Mientras que en el gen env fueron observadas dos a tres diferentes poblaciones virales. Estas poblaciones presentaron una heterogeneidad genética diversa y diferentes distancias genéticas dentro de las cuasiespecies de un mismo paciente (intrapaciente). La mayor distancia detectada fue de 17.3% entre los clusters A y B de la muestra PA_211. La presencia de diferentes subpoblaciones podría indicar la evolución viral en el paciente o sugerir infecciones dobles con el mismo subtipo.
Analizando la variabilidad genética en la región C2-C4 del gen env, comprobamos que existía una gran distancia genética entre las muestras estudiadas correspondientes al subtipo B, con una distancia media de 15.2% pero alcanzando hasta un 31.3%. Esta distancia genética es mayor que la que se informó en otros trabajos en Latinoamérica. La gran distancia genética obtenida entre las cepas de subtipo B indicaría que la epidemia del VIH-1 en Panamá ha tenido un largo período de evolución.
En resumen, el subtipo B de VIH-1 es la forma predominante (97%) en la epidemia de VIH-1 en Panamá, y es independiente del grupo de riesgo y la región geográfica. Sin embargo, la mayoría de las muestras analizadas corresponden a hombres heterosexuales, lo que indica que la transmisión heterosexual es un factor importante en la diseminación de la epidemia. Además, se identificó por primera vez en Panamá la presencia de virus recombinantes, CRF12_BF y CRF02_AG. La más importante característica de la epidemia fue la amplia distancia genética entre las muestras, de 15.2%, alcanzando hasta un 31.3%, lo que indica una epidemia del subtipo B altamente divergente y con un largo período de evolución.

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